Il faut remonter avant le début de l'ère chrétienne, en Chine, pour trouver les origines des Ninjas. Sun Tzu dans son traité " l'Art de la Guerre" les cite déjà. Au Japon, ils apparaissent réellement sous le règne du prince Shôtoku (574-622 ) qui les utilise comme espions.Des clans d'anciens Yamabushis en marge de la société se spécialisent dans les actions d'assassinat et d'espionnage au profit des grandes familles nobles. Ils forment ainsi la base des deux plus célébres familles de Ninjas : Iga et Koga. Ces clans vont prospérer durant l'ère de Kamakura et Muromachi et seront utilisés par tous les grands généraux en appui de leur armée.
Mais, leur puissance ne cessant de s'étendre, ils seront finalement chassés puis exterminés par Oda Nobunaga en Novembre 1581. Les derniers rescapés se mirent au service de quelques Daimyos, mais l'ère des Ninjas était terminée.
