L'un des traits les plus caractéristiques des Ninja est leur appartenance à un clan commandé par un chef auxquels tous devaient obéissance. La majorité de ces clans résidaient dans les montagnes entre Kyôto et Nara.
Deux régions vont donner les clans les plus fameux : Iga et Koga, au sud et au nord de Kyôto. 120 familles Ninjas y résideront et parmi elles, le clan Togakure-ryu, dont le 34 éme descendant vit encore au Japon.
Une structure à trois niveaux composait le clan. A la tête de celui-ci, le Jonin qui dirigeait et organisait la vie du clan et ses alliances. Les Chunins étaient les assistants du Jonin. Eux seuls connaissaient son identité. Le Genin était le Ninja de base, envoyé sur le théâtre d'opérations. Ce dernier, même torturé ne pouvait donner le nom du Jonin.
Deux régions vont donner les clans les plus fameux : Iga et Koga, au sud et au nord de Kyôto. 120 familles Ninjas y résideront et parmi elles, le clan Togakure-ryu, dont le 34 éme descendant vit encore au Japon.
Une structure à trois niveaux composait le clan. A la tête de celui-ci, le Jonin qui dirigeait et organisait la vie du clan et ses alliances. Les Chunins étaient les assistants du Jonin. Eux seuls connaissaient son identité. Le Genin était le Ninja de base, envoyé sur le théâtre d'opérations. Ce dernier, même torturé ne pouvait donner le nom du Jonin.
